12 Eylül Darbesi'nden sonra bir süre hapis yatan Kutan, Refah Partisi'nin kurulmasında önemli bir rol oynadı ve Malatya milletvekili olarak yeniden meclise girdi. 1996-1997 yılları arasında Necmettin Erbakan liderliğindeki 54. Hükümet’te Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanı olarak görev aldı.